二世帯住宅の場合その構造や、被相続人の配偶者の有無によって特例の使える範囲が大きく異なります。例えば1階と2階が内部で行き来できない住宅(外付けの階段がある等)に、1階に被相続人、2階に被相続人の子が住んでいたとすると、被相続人が配偶者と同居していた場合は、子は「同居親族」とは認められません。したがって、配偶者と子がその土地を相続しても土地の半分は特例が使えない上に、子は特例が全く使えません。逆に配偶者がいない場合はその他一定の要件を満たせば、「同居親族」となり、配偶者と子の両方が土地全てについて特例を使うことが出来ます。このように二世帯住宅の場合には構造上の区分の有無などにより課税価格に影響を及ぼしますので注意が必要です。